Visst kan det vara en alg som lägger grunden som sedan skit(mulm) fastnar på, och det stämmer även ifall du har haft fisk som gnager på rutorna så gör de även att inte mulmen hakar fast i algerna.
I dina kläder skulle jag kört med 50% vattenbyten var vecka, och under dessa vattenbyten försökt få upp så mycket mulm och gamla växtdelar som möjligt. Jag skulle även tippa på att ditt filter behöver en rengörning, plus att det kanske är underdimensionerat...