Själv väljer jag att plocka mina "rötter" ur vattendrag. De har då ofta fått en väldigt fin patina. Dessutom har de troligtvis fällt ut mycket av eventuella skadliga ämnen som kan finnas. Det enda jag gör innan de sätts ned i burken är att jag skrapar/borstar av dy/lera och annat löst boss. Därefter sköljes de väl. Beroende på hur "känsliga" fiskar man har är det sedan bara att sänka ned den i burken. Fram till idag har jag inte haft några problem.
Det kan säkert finnas mer eller mindre lämpliga träslag så är man väldigt osäker är det bara att leta mer fakta i ämnet :)