Det råd som brukar rekommenderas när trädrötter färgar av sig är kokning. Det lakar ur dem. Skålla dem kan kanske också funka.
Själv har jag inte kokat mer än en rot, men det var för att få den att sjunka. Kör man med firrar som gillar mjukt och surt vatten så är det sällan/aldrig något problem (jag har i vart fall inte stött på något, och har haft rötter i nästan alla mina kar).
När det gäller vattenbyte kör jag personligen alltid med kallvatten. Varmvattenledningarna kan om man har otur fälla ut tungmetaller som inte är bra att ha i karet. I flera kar kör jag vattenbyte med 50-60 procent kallvatten en gång i veckan, och det funkar bra. En liten varning kring sjöciklider bara, där har jag erfarenheter att för mycket kallvatten "slår ut" dem en stund. I kar med sjöciklider byter jag mindre vattenmängd, men oftare. Generellt sett tål ytfiskar större temperaturskillnader än bottenlevande fisk.
Hilsen!!