Jag har en liknande erfarenhet från mitt första akvarium på 275 liter. Sanden som följde med var urskitig! Jag tvättade den, men kanske inte så ordentligt som jag borde gjort. Förutom att jag fick jättemycket brunt slam som säkert berodde på att sanden inte tvättats tillräckligt, en aningens övermatning och lite väl ambitiöst med nyplantering av växter.
Efter några veckor fick jag, vad jag tror, sumpgas och det luktade precis som en instängd insjövik i solsken. Ingen behaglig lukt i en lägenhet! Efter ett par tre veckor och ett antal vattenbyten försvann lukten. Det rejäla ytterfiltret rengjordes ett antal gånger under tiden och var rejält igenslammat varje gång.
Det bruna slemmet/luddet blev jag inte av med förrän ett halvår senare då jag gjorde storstädning av hela akvariet och tvättade om sanden.
(Inte alls säkert att det är samma problem som du har).