Aktivt kol är inte ett filter som sållar ut stora saker och låter små passera, det funkar genom adsorption: att molekyler har en tendens att fastna på ytor. Det som gör aktivt kol aktivt är just att det har en så enorm yta att många molekyler fastnar på det.
Alger och protozoer är inte väldigt små, inte ur aktivt kols synpunkt i alla fall, och fastnar inte (i alla fall inte i nån större utsträckning). Molekylerna som fastnar måste dessutom ha vissa kemiska egenskaper, och aktivt kol är därför inte bra på att t.ex. ta bort nitrat ur vatten, trots att nitratmolekyler är små.
Däremot funkar aktivt kol jättebra mot många stora organiska molekyler som exv tanniner, den grupp organiska molekyler som gör akvarievatten allt gulare med tiden, och många toxiner (t.ex. antibiotika).