Om akvariet stått utan vatten nu så är antagligen alla bra bakterier i bottensubstratet döda.
Om jag var du skulle jag tvätta ur akvariet och allt bottensubstrat. Sen skulle jag läsa detta:
http://www.zoopet.com/forum/showthread.php?t=107287 (Det du gör nu är helt enkelt en nystart av ditt akvarium).
Efter det skulle jag köpa ett nitrit-test. Det är mycket fisk att starta upp akvariet med. Om du börja få nitrit i akvariet så gör dagliga vattenbyten på 50% tills det är borta igen. Vänta sedan en månad och håll koll på nitriten. Efter det kan du börja göra ett vattenbyte i veckan igen.
Varför har du strålen från innerfiltret över ytan? Hela filtret ska vara under ytan. Strålen ska helst vara riktad mot ytan så att det blir rörelse på den.
Hur har du rengjort filtret? Jag misstänker att du rengjort det för mycket. Jag brukar tappa upp lite vatten från akvariet i en hink. Sen kramar jag ur filtret i det vattnet bara och sen tillbaka i akvariet. Man ska bara rengöra filtret när det börjar tappa kapacitet (det inte blåser lite mycket längre).