Glas påverkar inte vattnet alls. Kalksten lägger man ibland i vattnet för att få mer kalk i vattnet. Om du tog den i havet och har sköljt av den ordentligt så är det nog inga problem.
Det var nog vattenbytet som behövdes. Läs om vatten här:
http://www.zoopet.com/akvarium/artikel_visa_index.asp?KAPITEL=Akvarievatten