Så den tunnare 5mm glasskivan ligger en bit i från de tjockare understa glaset? För annars kan ju inte det undre bukta utan att det övre gör det. Låter konstigt isf.

Det är inte så att det är ställningen som buktar nedåt?
Det är inget ovanligt isf att alu-profilerna "hänger" något mellan benen på ställningen. Det ska inte vara något problem.
Känner du dig ändå osäker så lägg en stabil (trä)skiva mellan kar och ställning.