Det är dels svårt att se bakterier ens i mikroskop, det är därför man normalt gör en svabbning på en agar-platta och sen räknar antalet plättar (varje plätt är miljarder bakterier som vuxit till från en enda bakterie i provet), men framförallt är inte de nyttiga bakterierna frisimmande i vattnet, utan sitter på alla ytor i akvariet (i filtret, i sanden, på växter...).