Frågan är om du har mycket järn i vattnet?
Viss fisk avföring kan färga vattnet, men att 6st i 200L skulle göra det, nja...
Problemet kom innan rötterna, så då kan det ju inte vara dom, men jag skulle ändå ge en slant på att de färgar ur sig fortfarande om du inte har kokat ur dom ett par gånger.

Har du problem med kiselalger i karet?
Hur ofta byter du vatten, och hur mycket byter du?
Hur ofta gör du ren sand o övrig inreding?
Hur sköter du filtret?
Vad har du för bottenmaterial?